Existen distintos formatos de factura electrónica que podemos utilizar, como la factura electrónica estructurada y la factura electrónica no estructurada.

Factura electrónica estructurada

La factura electrónica estructurada es un formato de factura electrónica que se compone de datos estructurados  y  permite que las facturas sean generadas y leídas de forma automática por programas informáticos de facturación.

Las facturas estructuradas son las solicitadas por las administraciones públicas que usan el formato XML, EDIFACT, DOC o XLS.

Factura electrónica no estructurada

Las facturas electrónicas no estructuradas no están compuestas por datos estructurados, sino por un documento normal.

Suelen ser facturas en papel escaneadas o facturas en formato PDF.

Tiene todos los datos necesarios pero se muestran en una imagen o documento plano, de forma que para procesar o trasladar los datos debe hacerse de forma manual o con un software OCR de reconocimiento óptico de caracteres.